スネーク †
声優:大塚明夫
元CIA特殊部隊FOX隊員。シリーズではおなじみのスネークの初代にあたる人物。
本名はジョン。ジャックという愛称もあり。コードネームはネイキッド・スネーク。
かつて全面核戦争の危機から世界を救った英雄であり、戦闘と潜入任務のエキスパート
その任務で、特集部隊の母と呼ばれた伝説の女性“ザ・ボス“（彼女はスネークの師匠でもある）を抹殺した事から、BIGBOSSの称号を得る。
南米コロンビアにて“国境なき軍隊“を組織している。
ソリッド・スネークがタバコとダンボールをこよなく愛するのはこ人影響かもしれない。
カズヒラ・ミラー †
声優:杉田智和
“国境なき軍隊“の実質的な運営を行う、スネークのサポート役であり、数少ない親友。
MGシリーズに登場するマスター・ミラーの若かりし頃の姿。
米占領下の日本で、GHQの将校と日本人女性との間に生まれたハーフで、名前は“和平(カズヒラ)“。
米国にて大学卒業後、日本の自衛隊に入隊。
除隊後、傭兵として各地を転々とし、コロンビアにてスネークと出会う。
以降、意気投合したのかスネークの相棒として活躍するようになる。
時折スイッチが入るとおかしな言動を見せる（コジマ・イズ・ゴッド！など）
アマンダ・バレンシア・リブレ †
声優:朴璐美
チコの姉。戦死した父親に代わってFSNLのリーダーを務めている。
男勝りで家族思いな人物だが、まだ未熟さが抜け切れていない部分も。
チコ †
声優:井上喜久子
アマンダの弟。12歳という年齢ながら兵士としてFSNLに身を投じる。
父や姉へのコンプレックスがあるのか、子ども扱いされることを嫌う。
超常現象や未確認生物（UMA）に興味津々なお年頃。
その知識は幅広く、彼の話がきっかけであるミッションが始まる。
ヒューイ †
声優:田中秀幸
電動車イスの天才科学者。AI兵器は某国の技術を参考に彼が作り上げたもの。
見た目はオタコンとほとんど一緒。ストレンジラブ博士にホの字らしい。
MGSシリーズでおなじみのオタコンことハル・エメリッヒの父。
パス・オルデガ・アンドラーデ †
声:水樹奈々
平和を愛するコスタリカの少女。
設立準備中にあるコスタリカ国連平和大学で平和憲法を学ぶ、ガルベスの教え子。
コスタリカ各地に展開を始めた謎の武装勢力に囚われていた。
ガルベスと共に武装勢力の排除を”国境なき軍隊”に依頼する。
パスという名は、スペイン語で”平和”を意味する。
セシール・コジマ・カミナンデス †
声優:小林ゆう
コスタリカに鳥の生態調査をしに来たらしい。
たまたま遺跡に踏み込んでしまった事で事件に巻き込まれてしまう。
一言で言うならばコジマ・イズ・ゴッド（詳細はブリーフィングファイルを参照）
動物の鳴き真似が得意。
ホット・コールドマン †
声優:麦人
CIAのエージェントで非常に腹黒い人物。
用意周到で狡猾な人物だが、ものすごく往生際が悪い。
ラモン・ガルベス・メナ †
声優:大塚芳忠
パスの恩師。数十年にわたって平和を説いてきたというコスタリカの国連平和大学の教授。
パスの頼みを受け、”国境なき軍隊”に武装勢力の調査と排除を依頼するが･･････。
脱走の名人で度々脱獄して周囲を困らせるおじさん。
ストレンジラブ †
声優:菊地由美
ザ・ボスを敬愛してやまない天才科学者。
ヒューイと同じ話題である2001年宇宙の旅に登場するAI「HAL」について雄弁に語ったり、
最後の最後にフラグを立てたりする辺り、恐らくオタコンの母と思われる。
ザ・ボス †
声優:井上喜久子
第二次世界大戦中の1942年に、連合軍内に特殊部隊「コブラ部隊」を設立し、連合軍を勝利に導いた英雄。スネークの師匠。
「祖国アメリカを裏切り小型核砲弾を手土産にソ連に亡命した売国奴であり、ソ連の兵器開発局を核で壊滅させた狂人」とされている。
メタルギアソリッド３において、ネイキッド・スネークによって暗殺される。
既に故人だが、物語の鍵を握る存在でもある。
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