FrontPage / 2006-07-05

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今日の予定

to do List

• 院ゼミ目次紹介
  • 目次紹介準備

• 修論研究
  • dot-plot 図の作成
    • hsa17 - mmu11, hsaX - mmuX, hsa-mmu-rat all-by-all
    • hsa-ptr-rhe all-by-all
    • cel - cbr
    • sce - ago
    • mtu - mtc, mtu-mle, mtu-mbo, mtu-mpa, mtu-mtc-mbo-mle-mpa
    • シロイヌナズナ-イネ
  • .golocus file の作成
    • sce
    • hsa ・・・ .gbk file に GO annotation がついているので、それを利用すればできそう
    • mmu ・・・ .gbk file に GO annotation がついているので、それを利用すればできそう
    • cel
  • GO term analysis (Resnik method) の実装
    • block file に chromID カラムを加えた region format を作成する。これに伴って、format 変換プログラムも作成する
    • Resnik.pl は、block format を入力することになっているが、region format を入力するように変更する。これに伴って、region の overlap を調べるサブルーチンに chromID の一致を調べるように変更する
    • Resnik.pl に、危険率 p_val の入力を増やす。これに伴って、全体の上位 p_val に相当する resnik_val を閾値とするモジュールを作成する
    • 各 region ごとに、閾値を超えた resnik_val の個数と、閾値を超えられなかった resnik_val の個数を計算する
    • χ 自乗検定によって、各 region が有意に機能的相関があるか否かを検定する
  • cel vs. cbr など、all-by-all の比較について
    • どのように anchor を求めるか！？
    • どのように chain を求めるか！？
  • whoda-v0.7.4.2 の改良
    • 長い anchor を削除してしまうので，それを改良したいもんだ。
  • PatternHunter? の出力を anchor として whoda-v0.7.4 を使ったらどうなるんだろう？
  • 尤度比関数の関数形について

• 授業
  • 現代アート美術史 (report: 07/11)
    • 美術館に行く
    • レポートを書く
  • 科学技術史 (test: 07/19)
    • 教科書を買う
    • テスト勉強をする
  • 原田さん (report: 07/31)
    • 課題３ (ノートにメモ) をやる

• 修論執筆
  • 手法を書き始める！！

• 修論進捗状況把握リストの作成

• 本の返却

• bsa
  • 2 章の予習をする。
    • 2.3 Alignment algorithms
    • 2.8 Deriving score parameters from alignment data
  • 3 章の予習をする。

今日の行動