FrontPage / 2006-07-03

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今日の予定

16:30 - 19:00

@研究室。BSA 勉強会。4 章 (徐)。

to do List

• 院ゼミ目次紹介
  • 雑誌を決める
  • 目次紹介準備

• 修論研究
  • dot-plot 図の作成
    • murasaki の最新 ver. のコンパイル
    • murasaki の使い方を教えてもらう
    • murasaki を本格的に動かし始める！！！
    • hsa17 - mmu11, hsaX - mmuX, hsa-mmu-rat all-by-all
    • hsa-ptr-rhe all-by-all
    • cel - cbr
    • sce - ago
    • mtu - mtc, mtu-mle, mtu-mbo, mtu-mpa, mtu-mtc-mbo-mle-mpa
    • シロイヌナズナ-イネ
  • GO term analysis (Resnik method) の実装
    • obo file から GO のグラフ構造を実装する
    • gene association file から各 GO term の出現頻度をカウントする
    • ある 2 つの GO term を指定したときの、Resnik value を計算するモジュールを作る
    • ある 2 つの遺伝子を指定したときの、Resnik value を計算するモジュールを作る
    • あるゲノム上の範囲を指定したとき、その領域内に含まれる遺伝子群をピックアップするモジュールを作る
  • whoda-v0.7.4.2 の改良
    • 長い anchor を削除してしまうので，それを改良したいもんだ。
  • PatternHunter? の出力を anchor として whoda-v0.7.4 を使ったらどうなるんだろう？
  • 尤度比関数の関数形について

• 修論執筆
  • 手法を書き始める！！

• 修論進捗状況把握リストの作成

• 本の返却

• bsa
  • 2 章の予習をする。
    • 2.3 Alignment algorithms
    • 2.4 Dynamic programming with more complex models
    • 2.5 Heuristic alignment algorithms
    • 2.6 Linear space alignments
    • 2.7 Significance of scores
    • 2.8 Deriving score parameters from alignment data

今日の行動