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今日の予定
- 14:00 - 18:00
- @研究室。学部生輪講。
to do List
- 修論研究
whoda-v0.7.4.1 のスピードアップ!
- dot-plot 図の作成
- murasaki の最新 ver. のコンパイル
- murasaki の使い方を教えてもらう
- murasaki を本格的に動かし始める!!!
- hsa17 - mmu11, hsaX - mmuX, hsa-mmu-rat all-by-all
- hsa-ptr-rhe all-by-all
- cel - cbr
- sce - ago
- mtu - mtc, mtu-mle, mtu-mbo, mtu-mpa, mtu-mtc-mbo-mle-mpa
- シロイヌナズナ-イネ
- synteny に含まれる遺伝子の機能相関について調べる
- GO term を用いた Resnik の information content-based method によって、pairwise の機能相関の度合いを調べることができる。
- そこで、not-in-synteny gene 間の機能相関の度合いの分布、not-in-synteny gene で、locus が近い gene 間の機能相関の度合いの分布、in-synteny gene で同一 synteny に含まれる gene 間の機能相関の度合いの分布、という3つの分布を計算し、その分布がどの程度離れているかを調べる。
- 機能相関についてより定量的に調べるため、機能相関の度合いについてある閾値を設けて、そうすると not-in-synteny gene group,not-in-synteny and near locus gene group,in-the-same-synteny group の各グループ内の要素を、機能相関あり,機能相関なし、の2群に分類することができる。この2群の個数を求めたら、χ自乗検定によって差があるかを判定することができる。
- PatternHunter? の出力を anchor として whoda-v0.7.4 を使ったらどうなるんだろう?
- 尤度比関数の関数形について
- bsa
- 2 章の予習をする。
- 2.3 Alignment algorithms
- 2.4 Dynamic programming with more complex models
- 2.5 Heuristic alignment algorithms
- 2.6 Linear space alignments
- 2.7 Significance of scores
- 2.8 Deriving score parameters from alignment data
今日の行動
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