FrontPage
今日の予定
- 10:00 - 10:30
- @？。ap bank fes '06 駐車券の予約電話。
- 10:45 - 13:00
- @日吉キャンパス 641。モリケン TA のサポート。
to do List
- 博士進学の書類申請
- 成績証明書 (6/29 受け取り)
- 入学志願者調書
- 修士論文テーマと内容概要
- 入学後の研究内容について（�仝Φ罎稜愀福↓�研究目的、�Ｅ�該分野における学術的な特色・独創性、�す馥盂阿隆慙�研究の中での当該研究の位置づけ）
- 院ゼミ発表資料の作成
- Introduction
- Method
- What is local genome alignment
- Probabilistic model of synteny
- DP algorithm for local genome alignment
- learning algorithm for probabilistic model for local genome alignment
- Result
- dot-plot view
- 収束パラメータの初期パラメータ依存性の調査と尤度関数の関数形
- GO-term を用いた in-synteny genes の機能解析
whoda-v0.7.4 の計算時間を速くする！！
whoda-v0.7.5
そもそも、sub-neighbor edge を計算せずに、co-linear edge を元に DP 計算をしても同様の結果が得られる気がしてきた。そうだとしたら、これは速いぜ！！
whoda-v0.7.6
anchor set に含まれる各 anchor について、その anchor よりも genome_0 の塩基番号が大きく、かつ、colinear な anchor との間に colinear edge を描く。これにより、colinear sdge set が形成される。colinear edge set に含まれる各 edge について、他の colinear edge set に含まれるいかなる edge を内側に含まない場合、その colinear edge set は sub-neighbor edge set に加えられる。このとき、ある集合からその最大値を求めるときなどのように、全集合の部分集合における sub-neighbor 候補をストックしておき、部分集合に次の要素を加えたときの sub-neighbor edge 候補を求め、、、とやってゆくことで、計算時間を抑えることができる。
- 修論レースを突き進むんだ！！
- dot-plot 図の作成
- murasaki の最新 ver. のコンパイル
- murasaki の使い方を教えてもらう
- hsa17 - mmu11, hsaX - mmuX, hsa-mmu-rat all-by-all
- hsa-ptr-rhe all-by-all
- cel - cbr
- sce - ago
- mtu - mtc, mtu-mle, mtu-mbo, mtu-mpa, mtu-mtc-mbo-mle-mpa
- PatternHunter? の出力を anchor として whoda-v0.7.4 を使ったらどうなるんだろう？
- synteny に含まれる遺伝子の機能相関について調べる
- GO term を用いた Resnik の information content-based method によって、pairwise の機能相関の度合いを調べることができる。
- そこで、not-in-synteny gene 間の機能相関の度合いの分布、not-in-synteny gene で、locus が近い gene 間の機能相関の度合いの分布、in-synteny gene で同一 synteny に含まれる gene 間の機能相関の度合いの分布、という３つの分布を計算し、その分布がどの程度離れているかを調べる。
- 機能相関についてより定量的に調べるため、機能相関の度合いについてある閾値を設けて、そうすると not-in-synteny gene group，not-in-synteny and near locus gene group，in-the-same-synteny group の各グループ内の要素を、機能相関あり，機能相関なし、の２群に分類することができる。この２群の個数を求めたら、χ自乗検定によって差があるかを判定することができる。
- bsa
- 2 章の予習をする。
- 2.3 Alignment algorithms
- 2.4 Dynamic programming with more complex models
- 2.5 Heuristic alignment algorithms
- 2.6 Linear space alignments
- 2.7 Significance of scores
- 2.8 Deriving score parameters from alignment data
今日の行動
最新の20件
2006-09-25
2006-09-24
2006-09-22
2006-09-16
2006-09-15
2006-09-14
- counter: 25
- today: 1
- yesterday: 0
- online: 3
