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今日の予定
- 11:00 - 13:00
- @矢上グランド。ソフトボール敗者復活戦。対 情報工学科 中川・春山研 中川JAPAN。
- 16:30 - 19:00
- @研究室。BSA 勉強会。3 章 (望月)。
to do List
- bsa
次回についての連絡事項を ML に流す。
尤度についてまとめる。
- 2 章の予習をする。
2.1 Introduction
2.2 The scoring model
- 2.3 Alignment algorithms
- 2.4 Dynamic programming with more complex models
- 2.5 Heuristic alignment algorithms
- 2.6 Linear space alignments
- 2.7 Significance of scores
- 2.8 Deriving score parameters from alignment data
- whoda-v0.7.4 の計算時間を速くする!!
- whoda-v0.7.5
- anchor set に含まれる各 anchor について、その anchor よりも genome_0 の塩基番号が大きく、かつ、colinear な anchor との間に colinear edge を描く。これにより、colinear sdge set が形成される。
- colinear edge set に含まれる各 edge について、他の colinear edge set に含まれるいかなる edge を内側に含まない場合、その colinear edge set は sub-neighbor edge set に加えられる。このとき、ある集合からその最大値を求めるときなどのように、全集合の部分集合における sub-neighbor 候補をストックしておき、部分集合に次の要素を加えたときの sub-neighbor edge 候補を求め、、、とやってゆくことで、計算時間を抑えることができる。
- whoda-v0.7.6
- そもそも、sub-neighbor edge を計算せずに、co-linear edge を元に DP 計算をしても同様の結果が得られる気がしてきた。そうだとしたら、これは速いぜ!!
- 修論レースを突き進むんだ!!
whoda-v0.7.4 のパラメータの収束範囲について網羅的に調べる。
hsa17-mmu11 G/g = 2 で、G=e-2, e-3, e-4, e-5, e-6, e-7 について。
hsa17-mmu11 G/g = 5 で、G=e-2, e-3, e-4, e-5, e-6, e-7 について。
hsa17-mmu11 G/g = 10 で、G=e-2, e-3, e-4, e-5, e-6, e-7 について。
hsa17-mmu11 G/g = 100 で、G=e-2, e-3, e-4, e-5, e-6, e-7 について。
hsa17-mmu11 G/g = 1000 で、G=e-2, e-3, e-4, e-5, e-6, e-7 について。
hsa17-mmu11 G/g = 10000 で、G=e-2, e-3, e-4, e-5, e-6, e-7 について。
- whoda-v0.7.4 を生物配列に適用する。
- PatternHunter? の出力を anchor として whoda-v0.7.4 を使ったらどうなるんだろう?
- synteny に含まれる遺伝子の機能相関について調べる
- GO term を用いた Resnik の information content-based method によって、pairwise の機能相関の度合いを調べることができる。
- そこで、not-in-synteny gene 間の機能相関の度合いの分布、not-in-synteny gene で、locus が近い gene 間の機能相関の度合いの分布、in-synteny gene で同一 synteny に含まれる gene 間の機能相関の度合いの分布、という3つの分布を計算し、その分布がどの程度離れているかを調べる。
- 機能相関についてより定量的に調べるため、機能相関の度合いについてある閾値を設けて、そうすると not-in-synteny gene group,not-in-synteny and near locus gene group,in-the-same-synteny group の各グループ内の要素を、機能相関あり,機能相関なし、の2群に分類することができる。この2群の個数を求めたら、χ自乗検定によって差があるかを判定することができる。
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