FrontPage / 2006-06-16

FrontPage

今日の予定

14:00 - 18:00

@研究室。学部生輪講。

to do List

• whoda-v0.7.1 のバグを取るんだ！！
  • chain match score - open gap - extend gap = chain alignment score である。そのため、chain match score > chain alignment score となるハズだが、そうなっていないケースがある。このバグを取り除く。
  • 現在の extend gap の計算式だと、iteration の度に extend gap が大きくなっていってしまう。このままだと anchor 2 つで 1 つの synteny となるまで収束しないので、extend gap の計算式を再考する。
    • extend gap = -log (1-(num_anc - num_syn)/gap_length) を試してみる。
    • synteny の正解が既知であった場合、どのように extend gap を決定することが妥当なのか！？について考えれば良い。

• whoda-v0.7.2 を実装するんだ！！

• DDBJing 関連
  • 聴講メモをまとめ、member 宛てにメールを送る。
  • G-InforBIO の人へメールを送る。
  • ベンチャーの社長さんへメールを送る。

• BSA chap.1 の発表準備

• 近代美術史発表準備。森村泰昌について。
  • ついでに、借りっぱなしの本を返却しよう！

• 勉強会
  • 3 年生へ BSA 勉強会の連絡。渡辺にメールを送れば良いでしょう。

• 来往舎
  • りょうほうくんへメールを送る。

• TA
  • そろそろ、採点を終わらせないとなー。

今日の行動