FrontPage / 2006-06-07

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今日の予定

to do List

• 修論
  • Ensembl syntenic view (hsaX - mmuX) と、同様の結果を得たい！
    • whoda-v0.4 の危険率を 0.01 とかに下げて、synteny を求める。
  • whoda-v0.6 の開発
    • 拡張の基本方針：chaining distance と、chain filter length を的確に決定することができれば、Ensembl syntenic view と同等の結果を得ることができるはずである。この 2 つの値を、如何に恣意的にではなく、general かつ genome sequence に robust な手法で決定することを目標とする。
    • sub-neighbor edge の長さのヒストグラムを描いてみる。⇒adjacent sub-neighbor edge と、not-adjacent sub-neighbor edge の 2 群に分類できるのでは？もし可能ならば、この方法により、chaining distance を決定し、anchor の chaining を行う。
    • chain の長さのヒストグラムを描いてみる。⇒paralogous chain (短い chain) と orthologous chain の 2 群に分類することができるのでは？もし可能ならば、この方法により chain filter length を決定し、chain の filtering を行う。
  • multiple synteny を何とか visualize する

• TA
  • レポート部、採点

今日の行動