FrontPage / 2006-04-05

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今日の予定

to do List

• Gumbel Extreme Distribution パラメータ (λ，K lnKmn) の推定
  • Poisson Approximation Method の適用
  • 最小自乗法の勉強
  • 繰り返し回数の検討
  • スコア行列，ギャップペナルティの検討
  • パラメータの m, n 依存性の検討
  • パラメータの ln[n/m] 依存性の検討
• Whoda 関連
  • sce-ago.ortho を用いて、sce-ago に Whoda を適用したときの評価を行う。
  • アンカー間の配列相同性のチェックに、線形時間アルゴリズムを適用してみる。そのときに必要な計算時間と対応精度の評価を行う。
• 奨学金
  • 慶應義塾大学大学院奨学金
    • 大学院奨学金申請書
    • 出願票
    • 大学院奨学金参考資料
    • 成績証明書
    • 所得証明書
    • 所得関係各種書類
    • 通帳またはキャッシュカードのコピー
• TA
  • 実験テキストの修正点・修正提案点のまとめ (1 章)
  • 実装したプログラムを用いて考察 (2 章)
  • E-Cell のダウンロードとテキストを用いた演習 (3 章)
  • wiki ページの作成 (1 章)
    • ゲノムネット
    • BLAST ← NCBI のサーバーの調子が悪いので、中断。
    • ClustalW
    • InterPro?
    • PDB
    • Genome Browser
    • PubMed?
    • 課題
  • wiki ページの作成 (2 章)
• オーソログ発見アルゴリズム (PickOrtho?) の考案とプログラムの実装
  • Aho-Corasick モジュールの作成
  • Extend モジュールの作成
  • DP モジュールの作成
  • パラメータ設定についての勉強
• 雑務
  • 財布の盗難について警察へ届出
  • みずほ銀行・郵便局にてキャッシュカードの再発行届け提出
  • 神山さんに返信
  • アプラスの書類作成
  • 学事にて、学生証を受け取る

今日の行動

08:30 - 11:15

@ナディア。恵比寿へ自転車を届けに行くナビをする。

11:15 - 13:00

@研究室。dp.cc の間違いを修正する。

13:00 - 14:30

@研究室。休憩。

14:30 - 16:00

@研究室。Ortho_Pick と gumbel を hpc でも使えるようにする。hpc では、malloc を使っちゃいけないらしい・・・。

16:00 - 18:00

@研究室。TA 準備。面白くない作業を続ける自分を、褒めてあげようじゃないか！

18:00 - 18:30

@研究室。gumbel のパラメータ調節のためのシェルスクリプトを書く。

18:30 - 19:00

@研究室。TA の準備として、ClustalW の Wiki 準備を完了させる。1 章の半ば前くらいには来たのかな・・・？

19:00 - 19:30

@研究室。森研と雑談。

19:30 - 20:30

@研究室。TA の準備。PDB の Wiki 準備を完了させる。