FrontPage / 2006-04-03

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今日の予定

13:00 - **:**

@研究室。研修室の掃除・新入生の席決め。32 棟の片付け。

to do List

• アライメントスコアの有意性評価についてのサーベイ
  • Bioinformatics Chap.4 "Assessing the Significance of Sequence Alignment Scores"

1. Development of Statistical Methods for Sequence Alignments
2. Significance og Global Alignmnets
3. Modeling the Best Possible Alignment between Two Random DNA Sequences
4. Using Alignment Scores
5. Local Alignments with Gaps
6. The Gumbel Extreme Value Distribution
7. Quick Determination of the Significance of an Alignment Score
8. Importance of the Type of Scoring Matrix for Statistical Analyses
9. Significance of Gapped, Local Alignments
10. Choices of Statistical Parameters
11. Statictical Significance of Individual Alignment Scores between Sequences and Significance of Scores Found in a Database Search Are Calculated Differently

• Whoda 関連
  • sce-ago.ortho を用いて、sce-ago に Whoda を適用したときの評価を行う。
  • アンカー間の配列相同性のチェックに、線形時間アルゴリズムを適用してみる。そのときに必要な計算時間と対応精度の評価を行う。
• 奨学金
  • 慶應義塾大学大学院奨学金
    • 大学院奨学金申請書
    • 出願票
    • 大学院奨学金参考資料
    • 成績証明書
    • 所得証明書
    • 所得関係各種書類
    • 通帳またはキャッシュカードのコピー
• TA
  • 実験テキストの修正点・修正提案点のまとめ (1 章)
  • 実装したプログラムを用いて考察 (2 章)
  • E-Cell のダウンロードとテキストを用いた演習 (3 章)
  • wiki ページの作成
    • 1 章
    • 2 章
• オーソログ発見アルゴリズム (PickOrtho?) の考案とプログラムの実装
  • Aho-Corasick モジュールの作成
  • Extend モジュールの作成
  • DP モジュールの作成
  • パラメータ設定についての勉強
• 雑務
  • 財布の盗難について警察へ届出
  • みずほ銀行・郵便局にてキャッシュカードの再発行届け提出
  • 神山さんに返信
  • アプラスの書類作成
  • 学事にて、学生証を受け取る

今日の行動

10:00 - 12:15

@研究室。BSA や Bioinformatics によるアライメントスコアの優位性についてサーベイをする。BSA は良く分からなかったが、Bioinformatics は理解できそうな匂いがする。でも、Bioinformatics は記述が長い・・・。

12:15 - 13:00

@研究室。お昼ごはん。

13:00 - 19:30

@研究室。新入生の PC の設定、お手伝い。いやいやいや。疲れた・・・。

19:30 - 21:00

@研究室。Bioinformatics を読む。アライメントスコアの有意性について。Bioinformatics は目次のつけ方が良くない。てか、疲れた。。