FrontPage / 2006-03-31

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今日の予定

to do List

• 奨学金
  • 慶應義塾大学大学院奨学金
    • 大学院奨学金申請書
    • 出願票
    • 大学院奨学金参考資料
    • 成績証明書
    • 所得証明書
    • 所得関係各種書類
    • 通帳またはキャッシュカードのコピー
• TA
  • 実験テキストの修正点・修正提案点のまとめ (1 章)
  • 実装したプログラムを用いて考察 (2 章)
  • E-Cell のダウンロードとテキストを用いた演習 (3 章)
  • wiki ページの作成
    • 1 章
    • 2 章
• オーソログ発見アルゴリズム (PickOrtho?) の考案とプログラムの実装
  • Aho-Corasick モジュールの作成
  • Extend モジュールの作成
  • DP モジュールの作成
  • パラメータ設定についての勉強
• Whoda の評価プログラムの作成
• 雑務
  • 財布の盗難について警察へ届出
  • みずほ銀行・郵便局にてキャッシュカードの再発行届け提出
  • 神山さんに返信
  • アプラスの書類作成
  • 学事にて、学生証を受け取る

今日の行動

11:00 - 17:30

@研究室。32 棟への引越し手伝い。hpc の増強。

17:30 - 19:30

@日吉東急 3F。くまりとお話。

19:30 - 20:30

@研究室。???。

20:30 - 22:00

@研究室。Whoda の結果を評価するプログラムの改良。各ブロック内に含まれるアンカーとオーソログの位置情報を表示できるようにしてみる。これで何かしら考察できないかな・・・？

22:00 - 23:30

@研究室。sce と spo を whoda に掛けた結果の評価を詳しく観察したところ、非オーソログ領域におけるアンカーがクラスタリングされることにより、オーソログ領域がブロック内に含まれる、ということが多く起きてしまっていることが分かった。また、sce と spo の dotplot を見ると、syntenic な領域がほとんど存在しないことが分かる。このことから、非常に離れた種に whoda を適用すると、宜しくない結果が得られることが分かった。また、sce と ago について whoda を実行した。