FrontPage / 2006-02-16

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今日の予定

18:30 - 24:00

@青山学院大学脇「青山一品」。平家物語の打上げ。

今日の行動

14:00 - 15:00

@自宅。風邪だったり、遅く起きたりで、平家物語の打上げには行かないことを決意する。

16:00 - 18:30

@研究室。Whoda や Mauve、GRIMM-Synteny、PatternHunter? など領域の対応付けを行うアルゴリズムを評価するためのプログラムを作る。研究の土台が少しずつ整いだしてきた感じ。

18:30 - 19:30

@創想館B1F。寝る。寒かった。風邪は、酷くも良くもならず。

19:30 - 20:45

@研究室。Whoda の anchor 結合条件に、少なくとも一種のゲノム上で neighber である。という条件を加えだす。とりあえず neighber edge は描いたので、この後は、結合を行っている箇所への直接的な修正を加えてゆくことになりそうだ。

20:45 - 21:30

@研究室。色々な方々へメールを打つ。楽しいひと時。こうゆう休憩って、必要だなぁと思う。

21:30 - 23:30

@研究室。anchor の結合条件を更新し、両サイドの neighber を検出できるようにする。あとは、overlap neighber を検出できるようにすれば、ひとまずは neighber 制約は取り入れたことになる。・・・が、neighber 制約は、Whoda の性能を飛躍的に改善するものではなかったらしい。配列相同性の検出部分に、過結合の原因があるように思う。また、PatternHunter? では捉えられているのに、Whoda では捕らえられていない ortholog genes に関しては、結合されなかった anchor を捨ててしまっていることに問題があるのだろう。

23:30 - 25:00

@研究室。neighber の扱いは、たぶん、できるようになったと思う。思ったより、というか、全く（本当に、全く）性能に変化がなかったことが残念でしょうがない。明日は、上記の、性能に直接関わっていそうなところをいじろうと思う。

総評