FrontPage / 2006-02-13

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今日の予定

今日の行動

00:30 - 01:30

@自宅。C++ の勉強。少し、名古屋モードから研究室モードに切り替わる。こっちのモードの方が、自分を見失うことは少ない。

01:30 - 03:00

@自宅。C++ の勉強。６章の終わりが見え始める。東京事変の新アルバム『ADULT』は、期待が過剰であったのか、ちょっと物足りない。これだったら、椎名林檎の first album 『無罪モラトリアム』を超えられていないと思ってしまう。

16:00 - 18:00

@研究室。COG のアルゴリズムについてのサーベイを行う。方向性は非常にかっこ良いものの、手法が Ad hoc という結構珍しいパターン。古い研究だからからなのかなぁ。

18:00 - 20:30

@研究室。KOG のアルゴリズムについてサーベイを行う。結構 manual な部分が多く、とても実装しようとは思えなかった。てか、細部まで分かっているわけでもない。そこで、pairwise whole genome に含まれている遺伝子の ortholog / paralog 関係を ad hoc に検出するためのアルゴリズムを勝手に考えてしまう。まぁ、絶対誰か考え付いていて、とっくに refine されている方法だろうけど、サーベイするには時間があまりないので、この方法で検出してみようと思う。それに、基本となる方法だから、サーベイの結果、refine する方法が見つかったときにその方法を実装するときにも、この方法を実装しておくことは役に立つように思う。

20:30 - 21:40

@研究室。アライメントツールについてサーベイを行う。USC の alignment library が使えそう。mglobalS が今回の目的に合った実行ファイルだと分かる。

総評