DDBJing-15th

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有用情報

• DDBJ への塩基配列の登録は、以下の二つの方法がある。
  • SAKURA を用いた方法
  • 大量データの一括登録

• BLAST などでもちいられている、low complexity filter algorithm について、以下の 2 つのアルゴリズムが挙げられていた。
  • DUST algorithm
    • Tatusov and Lipman
  • SEG algorithm
    • Wootton and Federhen (1993)
    • Statistics of local complexity in amino acid sequences and sequence databases

• その他の low complexity 関連論文
  • Non-globular domains in protein sequences: automated segmentation using complexity measures
  • Discovering simple regions in biological sequences associated with scoring schemes
  • 0j.py: a software tool for low complexity proteins and protein domains
  • A novel complexity measure for comparative analysis of protein sequences from complete genomes
  • Sequence complexity of disordered protein

• G-InforBIO

• Disorder 領域予測
  • DISOPRED 関連論文
    • Prediction of disordered regions in proteins from position specific score matrices
    • Prediction and Functional Analysis of Native Disorder in Proteins from the Three Kingdoms of Life

有用ツールのインストール

• TreeView?
  • TreeView.exe
  • 系統樹を描くためのツール？

• Chime
  • &ref(): File not found: "MDLChimeSP6.exe" at page "DDBJing-15th";
  • PDB ファイルからタンパク質・核酸の立体構造をグラフィカルに表示するツール。

• Rasmol
  • raswin.exe
  • PDB ファイルからタンパク質・核酸の立体構造をグラフィカルに表示するツール。

初日

INSDC の概略と DDBJ HP の利用法

• INSDC とは？
  • GenBank?, EMBL, DDBJ の協力体制のこと。

SAKURA を用いた塩基配列登録の方法

• DNA 配列の登録方法
  • SAKURA (http://sakura.ddbj.nig.ac.jp/sakura_ja.html)
    • 短い配列の登録
    • 所定のフォームに入力
  • 大量登録システム
    • 多件数 or 長い配列の登録
    • 登録者がファイルを作成し、E-mail or FTP で送信

• SAKURA を用いた塩基配列登録
  • 練習用 URL
    • http://uribo.ddbj.nig.ac.jp:8888/sakura_ja.html
    • こんなステキなものを用意しちゃうのが、すごい。サンプルデータもあるから、気軽に練習出来ちゃう。
    • データがそろっていれば、１エントリーあたり、だいたい 10 分程度で登録できる。

H-Invitational Database の紹介

二日目

データベース検索実習１ getentry, SRS, ARSA の使い方

データベース検索実習２ FASTA, BLAST の使い方

• 相同性検索とは？
  • 相同性と類似性の違い
    • 相同性は進化的な関係。類似性は文字列としての関係。
  • 配列アライメントの定義
    • 2 つの配列を要素ごとに対応付けて並べる操作。
    • 同じところと違うところが分かるので、2 つの配列の類似度を計算することができる。
• DDBJ で現在提供している相同性検索プログラム
  • BLAST
    • blastx や pblastx はアミノ酸配列への翻訳を行っているので、計算時間が掛かってしまう。
    • 複雑度の低い配列のマスキングには、DUST プログラム、SEG プログラムが用いられている。
  • FASTA
  • PSI-BLAST
  • SSEARCH

ゲノム配列解析ツールと第三者アノテーション

• 日本語バイオポータルサイト
  • http://www.bioportal.jp/
• GIB
  • http://gib.genes.nig.ac.jp/
  • ゲノム配列情報の閲覧
  • 比較ゲノム解析機能
• G-InforBIO
  • http://gib.genes.nig.ac.jp/
  • local で効率的に統合・解析できるツール
  • チェックすべき機能が多数！！
    • Alignment View (MegaBlast?)
    • Blat
    • Sim4
    • BlastClust?
    • SOM

• 質問内容
  • G-InforBIO の BlastClust? のクラスタの定義は、"ホモログが ○○ 個以上連続した領域" でしょうか？
  • G-InforBIO の BlastClust? は Emsembl Syntenic View みたいなものを得ることを目的としているように思うのだけれど、これは真核生物でも適用可能なのだろうか？
  • Alignment View などは、3 種以上の比較も可能なのだろうか？

GTOP の利用法・講義および実習

• GTP とは？
  • タンパク質 3000 project の結果を利用して、ゲノム解読済生物種の全タンパク質について立体的アノテーションを行った結果を示す DataBase?.
  • 年に 3 回の更新を目指しつつ、年に 2 回くらい更新を行っている。

• 要チェック用語
  • reverse PHI-Blast
  • Disorder 領域
    • 「へリックスやシート等の構造をとらない比較的長い領域」のこと。真核生物において、機能に関連しているとの報告があり、タンパク質立体構造予測の業界では、比較的ホットな話題。Disorder 領域予測プログラムも開発されており、ある程度信頼できるとのこと。

• GTOP の検索について
  • KeyWord? Search は時間が掛かる。
  • Advanced Search で生物種を指定してあげると、速くて良いよ。
  • Master File に、GTOP 情報のほとんど全てが含まれている。Master File は、FTP site に置いてあるよ。
  • gene name には様々な呼び方があるので（方言のように）、遺伝子配列を持っていれば、配列で検索するのが、一番確実。
  • Phylogenetic-Profile を使うと、「古細菌には存在しないけれど、バクテリアには存在する」などの条件を満たすタンパク質のリストを得ることができる。

分子進化解析入門 (ClustalW)

• DDBJ だと、BLASt 検索結果から ClustalW に飛べて便利！！
• TreeView? は、plylip format であれば系統樹を描いてくれる、便利なプログラム。

DDBJ の展望「生命科学データベースの現状と課題」

• NAR に、DB 特集号や、resource 特集号があるよー。

• 質問内容