テキスト補正メモ

実験スタッフ打合せに向けたメモ

1. インターネット上のゲノムデータベースの使い方
   1. ゲノムネット
      1. ポルフィリン環の指定について記述を追加することを提言する。
   2. BLAST
   3. ClustalW
      1. オーソログ遺伝子の入手する際、COG etc. の DB を使用することを提言する。
      2. テキストの記述は、遺伝子の系統樹と種の系統樹を混合しているように思う。この点を修正することを提言する。
   4. InterPro?
   5. PDB
      1. 立体構造を観察するために新たなツールを紹介するよりも、Ralmol を使うことを提言する。
      2. タンパク質立体構造データの検索法として、テキストの 3 番目の方法を削除し、(4) 配列相同性による立体構造データの検索、(5) Structure Summary / Structure Description による機能モチーフ (Zinc Finger etc.) を持つタンパク質の立体構造データの検索、を追加することを提言する。
   6. Genome Browser
      1. 導入部のコメントを修正することを提言する。
      2. UCSC Genome Browser (b)-2 での考察を修正することを提言する。
      3. Ensembl Genome Browser (c)-2 における記述を修正することを提言する。
      4. Ensembl Genome Browser (d)-1, 2 における記述を修正することを提言する。
      5. Ensembl Genome Browser (e) における記述全般が現在のインターフェイスと合致していない。View alignment with 6 species における Detailed View で多種間における遺伝子のイントロン・エキソン関係を考察するように変更することを提言する。また、syntenic view については (f) として新たな項目を作成し、領域の対応付けを表示することができるとコメントすることを提言する。
      6. PubMed?
   7. 課題
      1. 課題 1 を削除し、課題 2 のみとすることを提言する。
      2. 課題 2 において、プリントアウトした項目を追加することを提言する。
      3. 課題 2 において、対象とする遺伝子はこちらで指定することを提言する。
      4. 先出し＆フィードバックを行うことを提言する。
2. スコア行列を用いた転写因子結合部位探索
   1. Wiki に載せるヒントを最小に抑える方針を提言する。
   2. PubMed? を只管探すのはとても泥臭いことなので、半数のプロモータ配列に関しては結合因子の正解を公開し、そこから閾値を推定し、残りの半数のプロモータ配列に関して結合を予測することを提言する。
3. E-Cell

テキスト補修事項メモ

1. インターネット上のゲノムデータベースの使い方
   1. ゲノムネット
      1. 「ポストゲノム時代のバイオインフォマティクス」は一読の価値あり。
      2. Rasmol でポルフィリン環を指定 (select) するには、どうすれば良いか？
   2. BLAST
      1. BLAST はアルゴリズム・プログラム名であり、検索には DB が必要であることを協調。加えて、DBGET リンク図で登場するいくつかの DB について紹介する。
   3. ClustalW
      1. オーソログ遺伝子を入手する際、COG etc. のオーソログ DB を使用していないため、厳密さが足りない恐れがある。より厳密さを求めるのであれば、実験手順を変更する必要がある。
      2. 複数の遺伝子について系統樹を作成した場合、生物種の系統関係に矛盾が生じる場合がある。このことは、遺伝子配列から作成できるのはあくまで遺伝子間の系統関係のみであり、それと生物種間の系統関係を同一のものと見なすことに強引さがあることを暗に証明している。遺伝子配列から生物種の系統関係を調べるための手法としては、(1) 複数の遺伝子の系統関係を統合する手法、(2) 生物種の系統関係と遺伝子配列の系統関係に強い相関があると考えられる rRNA 遺伝子から系統関係を導く手法 etc. が挙げられる。
   4. InterPro?
      1. テキストに記述の通り、モチーフの表現能力の差異についての考察が求められる。考察の項目には、以下の二点が挙げられる。(1) 正規表現と PSSM & HMM の差異，(2) PSSM と HMM の差異。
      2. Zing Finger の機能を調べ、構造 (Zing Finger がタンパク質の外側に位置していること) と機能の関連について考察せよ。という課題を加えても良いかもしれない。
   5. PDB
      1. 立体構造を観察するために新たなツールを紹介するよりも、Ralmol で観察した方が慣れていて良いのでは？あと、テキスト通りに図を表示しようとすると、「ページを表示できません」と言われてしまう。
      2. タンパク質立体構造データの検索を 3 通り紹介しているが、3 番目は実用的ではない。むしろ、(4) 配列相同性による立体構造データの検索、(5) Structure Summary / Structure Description による機能モチーフ (Zinc Finger etc.) を持つタンパク質の立体構造データの検索の方がより重要であると思う。
   6. Genome Browser
      1. 導入部のコメントは、Genome Browser のイントロダクションとしては少しだけ不適切。Genome Browser の目的は (僕の勝手な思い込みでは) (1) ゲノム上における遺伝子という視点を与えること、(2) ゲノムを生物種間で比較することにあると思う。これらの Genome Browser の目指しているものについて、より具体的に説明する方が適切であるように思う。
      2. UCSC Genome Browser (b)-2 での考察に誤りがある。
      3. Ensembl Genome Browser (c)-2 における記述にて、多少の修正の必要性を感じる。
      4. Ensembl Genome Browser (d)-1, 2 における記述が不正確だと思う。
      5. Ensembl Genome Browser (e) における記述全般が現在のインターフェイスと合致していない。View alignment with 6 species における Detailed View で多種間における遺伝子のイントロン・エキソン関係を考察するように変更すると良いかもしれない。また、syntenic view については (f) として新たな項目を作成し、領域の対応付けを表示することができるとコメントすることを推奨する。
   7. PubMed?