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特定非営利活動促進法は平成10年度に施行され、沖縄県内では２団体が申請したが、認証は平成11年度に入ってからとなっている。
団体が特定非営利活動法人となるためには、所轄庁へ申請して受理されてから認証するかどうか判断されるまで、２か月から４か月間かかる。申請受理されて公告縦覧期間中の団体はここでは記載しない。

平成18年10月6日現在

「特定非営利活動法人」は省略して記載する。

平成11年度 †

• イチャリバチョーデー・ゆんたく広場ヒューマンセーフティーネット
• まんがん
• じーなの会
• 琉米歴史研究会
• フロム沖縄推進機構→団体サイト
• 沖縄県自立生活センター・イルカ→団体サイト
• 福祉・ホームヘルパー協会
• 元氣ゆがふ村
• 国際オーガニック・テクニカル協会→団体サイト

平成12年度 †

• 沖縄海と渚保全会→団体サイト
• 有情会
• しゅくな
• 沖縄サッカー振興基金
• ゆいネットワークあいあい
• 琉球インフォメーションセンター：内閣府へ移管→団体サイト
• 琉球の茶道ぶくぶく茶あけしのの会→団体サイト
• エコ・ビジョン沖縄→団体サイト
• ヒーリングＯ・ＫＩ・ＮＡ・ＷＡ研究センター：解散
• 沖縄県青少年ゴルファー支援センター
• シー・カナリー→団体サイト
• ニライカナイクラブ
• ほっとハウス
• ツール・ド・おきなわ協会→団体サイト

平成13年度 †

• 沖縄児童文化福祉協会
• 浅茅の里
• 国際空手道連盟極真会館沖縄県支部→団体サイト
• いきいき沖縄ネットワーク→団体サイト
• 国際親善・交流サポートセンター
• チーム未来やんばる
• ミラソル会
• きづき
• コミュニティおきなわ→団体サイト
• 琉球心開→団体サイト
• ゆいまーる
• 当山の会：解散
• 沖縄ウエルネスセンター
• 宮古ウエルネス会
• 海洋研究所
• Ｏｋｉｎａｗａ　Ｈａｎｄｓ-ｏｎ　ＮＰＯ→団体サイト
• 沖縄台風センター研究会
• 沖縄県難聴福祉を考える会
• アンビシャス→団体サイト
• 奥間川流域保護基金
• 琉・動・体
• 全沖縄戦没者慰霊碑管理協会
• 那覇市街角ガイド
• 沖縄パソコンリサイクル
• 前島アートセンター
• ＮＰＯ首里
• 陽だまりの庭
• 沖縄海外音楽交流協会
• クーピーファッションアートグループ：内閣府へ移管
• うまんちゅ生活支援センターふくしの家
• おきなわ環境クラブ
• 自立支援センタースウィートホーム
• 芳香植物ひと鉢ひと坪運動 若夏会

平成14年度 †

• 沖縄県芸術文化振興協会
• 結び
• 調査隊おきなわ
• 沖縄人材戦略実践センター
• 沖縄県音楽文化振興会
• 国際知的所有権監理保護機構沖縄
• 知的障害者支援センターはばたき
• ヒューマンネットサービスゆんたの会
• ライフサポートてだこ
• 沖縄アートマネージメント協会
• 福祉ネットワークおきなわ
• 北部地域ＩＴまちづくり協働機構
• 浦添市美術館友の会
• 水を守る会
• 清楽
• コーラルアクション
• 育伸子育て支援協会
• デジタル社会総合研究所
• 沖縄県都市住環境センター
• みるく
• 沖縄市ハイサイネット
• 沖縄平和協力センター
• 沖縄定期借地借家権推進機構
• 太陽の里
• ＮＧＯ沖縄アジアチャイルドサポート
• ＯＳＰＩ
• 沖縄コンベンションシティ会
• 自然回帰舎
• 那覇市体育協会
• 地域の活性化を推進する会
• たきどぅん
• 珊瑚舎スコーレ
• みなみ
• 地域ふれ合いセンターオレンジ
• 沖縄国際こども村
• がん患者家族支援センター：解散
• バリアフリーネットワーク会議
• 沖縄新事業支援機構
• ヒューマンネットワークはごろも
• 沖縄映像文化研究所
• 沖縄県国際理解・異文化交流と国際観光支援センター
• 三育がんじゅう会
• えるだす
• うてぃーらみや
• 沖縄バリアフリー研究会
• たんぽぽ苑

平成15年度 †

• Okinawa Ocean Culture &Environment Action Network
• 沖縄災害救助犬協会
• カタンニュー・クラブ
• 国際言語センター
• 風のうた・子育て支援ネットワーク
• Ca Va Purozilekuto Care
• おきなわＣＡＰセンター
• 地域保育・ファミリーサポートセンター
• 沖縄地域福祉研究所
• 沖縄百縁振興会
• Okinawa Aikyou Academy
• 今帰仁ふるさとネットワーク
• 沖縄ピースコースト
• 啓髪の会
• 沖縄芸術・観光人材育成協会
• ウィズユウ沖縄
• ふぃーるど・ぱわー
• 環境クリエイト
• 軽便駅 かりゆし市
• 地域福祉保健推進協会
• おきなわ環境監査機構
• やまびこの会
• 沖縄ドリームネット：解散
• 国際マングローブ生態系協会
• 動物たちを守る会ケルビム
• 西原町人つくり支援の会
• キジキナ会
• ニューウィンズ
• ゆいベース・エル
• すりずり
• 沖縄心理臨床研究センター
• いぜな・やなは島の自然を守る会
• 共生の里
• パソコンサポート沖縄
• なはまちづくりネット
• 名護市障害者関係団体協議会
• 八重山星の会

平成16年度 †

• 琉球大学産学連携研究会
• ハーバー・スカイコム
• やんばる森のトラスト
• すむづれの会
• ハイビスカス
• 沖縄空手道・古武道支援センター
• 金武湾を組成させる会
• 沖縄県ダイビング安全対策協議会
• ひるぎ
• りんく・いしかわ
• 識名園園遊会
• コーラル沖縄
• アメラジアンスクール・イン・オキナワ
• 高齢者・障がい者自立生活サポートセンター
• すこやかネット
• しまづくりネット
• 亜熱帯バイオマス利用研究センター
• いけま福祉支援センター
• 消費者センター沖縄
• 大宜味つばきの会
• 結の里
• はいからー
• うらおそい歴史ガイド友の会
• 沖縄経済政策研究所
• あんじな
• うるま環境ネット
• ティーンズサポートＮＰＯ
• グローバル医療福祉協会
• 国頭ツーリズム協会
• ちゅらネット
• 愛星ネットワーク
• どうぶつたちの病院
• まちなか研究所わくわく
• 沖縄デジタルアーカイブ推進協議会
• 沖縄観光連盟
• 脳文庫
• マザーアース
• 萌え

平成17年度 †

• かなさの会
• ジャパン沖縄ジュニアポリスコール
• 西表国立公園を守り育てる会
• エイブルサポートつばさ
• 地域活性化プランニングオフィススーパーブレイン
• 沖縄鍾乳洞協会
• 日本ランドセーリング協会
• ニライハート地域支援ネットワーク
• うつぐみ
• むらおこし共進会
• こども医療支援わらびの会
• 沖縄盲導犬普及協会
• ブルティーダ沖縄フットボールクラブ
• 沖縄県立現代美術館支援会 happ
• 沖縄地理情報システム協議会
• ぷろぷ
• ＨＩＶ人権ネットワーク沖縄
• 沖縄地域観光研究会
• 島の風
• 一十
• マーズ
• 沖縄安全・安心まちづくりステーション
• せーふぁの会
• ケルン自然体験学園
• なちゅら福祉ネット
• ヴィクサーレ沖縄
• 海の自然史研究所
• たいあん
• 八重山ヨット倶楽部
• 沖縄伝承話資料センター
• マリタイムネット琉球
• 雄飛ツーリズムネットワーク
• ぺあ・さぽーと
• にぎわいみゃーく
• うるま市心の健康を守る結の会
• ぐすく会
• フレンズハウス
• 沖縄教育カウンセラー協会
• マングローブＥＥクラブ
• ぢゃんな琉球古典音楽研究所
• ＮＤＡ
• 南大東Dongosabows
• 警防団防人
• Suns' コミュニティ
• 介護と福祉の調査機関おきなわ
• 海底遺跡研究会
• 先島海洋安全ネットワーク
• 療育ファミリーサポートほほえみ
• 海山郷

平成18年度 †

• てぃーらぶい
• 沖縄有用植物研究会
• 村おこしネット
• 沖縄ひとびと福祉事業団
• 琉球王朝御殿結婚式
• リーアン・ルーク
• 立葵社
• 沖縄音楽文化交流機構
• すずな
• Love Peer Price やいま
• 久米島紫金鉱振興会
• みのりの会
• ハートフリーネットワーク会議
• がらまん
• 沖縄生活支援協会
• おきなわ文化ネット
• ホライゾン２１
• 沖縄親交国際協議会
• 沖縄エコツーリズム推進協議会
• 宮古地区手をつなぐ育成会
• 思春期青年期心理サポートセンター・ほのぼのすぺーす
• サザンウィンド
• 美ら島スポーツ
• さわふじ
• みやこ保育向上連絡協議会
• 渡嘉敷村観光協会
• オリーブの木
• 沖縄ソーシャルワーカー協会→団体サイト
• ＲＩＳＥ
• ゆうり
• ありがとう
• ワークサ ポートひかり
• 防衛施設周辺の生活環境の整備を進める会
• 家族支援センターふーみんぐ
• ふれあいセンター
• フェローシップおきなわ
• 心身障がい者自立支援そなえ会
• 地域サポートララちゃんぷるー
• 沖縄県科学・技術ネットワークセンター
• あごらぴあ