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イントロダクション・ストーリ

• 研究の動機
  • オーソログ遺伝子の並びと向きが保存されている遺伝子群を，Adjacent LOCUS CONSERVATIONAL Module (ALCM) と名付ける．
  • HOX 遺伝子群などの少数の ALCM は報告されているが，その網羅的な同定は行われていない．
  • ALCM の網羅的な同定を行うことで，遺伝子の染色体上での配置がどのような生物学的機能を果たしているかを考察することができる．（生命は，ある並びで染色体上に配置されている遺伝子を有する祖先ゲノムから，遺伝子の改変や削除，取得，並び替えなどのプロセスを経て進化してきたと考えられる．）
  • 本研究では，ALCM の網羅的な同定・解析を行い，遺伝子の並びがどのような生物学的機能を果たしているかについて考察する．

• 手法
  • オーソロガス遺伝子の同定法は確立されていない．
  • 確率モデルを用いた手法を提案する．

ディスカッション・ストーリー

Experiment & Result

• 近隣遺伝子間で機能相関度が高い遺伝子群を，Adjacent Function Similar Module (AFSM) と名付ける．AFSM は，ALCM になりやすいかをχ自乗検定を用いて評価する．AFSM が ALCM に有意になりやすければ，AFSM における遺伝子の並びや向きは保存されやすいという知見が得られる．
• 近隣遺伝子間で発現プロファイルが似ている遺伝子群を，Adjacent Expression Similar Module (AESM) と名付ける．AESM は，クロマチン制御（転写前制御）を受けている遺伝子群だと考えられる．
  • AESM は，ALCM になりやすいかをχ自乗検定を用いて評価する．AESM が ALCM に有意になりやすければ，AESM における遺伝子の並びや向きは保存されやすいという知見が得られる．
  • AESM は，AFSM になりやすいかをχ自乗検定を用いて評価する．AESM が AFSM に有意になりやすければ，