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今日の予定
to do List
- 修論研究
- dot-plot 図の作成
hsa17 - mmu11, hsaX - mmuX, hsa-mmu-rat all-by-all
- hsa-ptr-rhe all-by-all
- cel - cbr
- sce - ago
- mtu - mtc, mtu-mle, mtu-mbo, mtu-mpa, mtu-mtc-mbo-mle-mpa
- シロイヌナズナ-イネ
- GO term analysis (Resnik method) の実装
- block file に chromID カラムを加えた region format を作成する。これに伴って、format 変換プログラムも作成する
- Resnik.pl は、block format を入力することになっているが、region format を入力するように変更する。これに伴って、region の overlap を調べるサブルーチンに chromID の一致を調べるように変更する
- Resnik.pl に、危険率 p_val の入力を増やす。これに伴って、全体の上位 p_val に相当する resnik_val を閾値とするモジュールを作成する
- 各 region ごとに、閾値を超えた resnik_val の個数と、閾値を超えられなかった resnik_val の個数を計算する
- χ 自乗検定によって、各 region が有意に機能的相関があるか否かを検定する
- cel vs. cbr など、all-by-all の比較について
- どのように anchor を求めるか!?
- どのように chain を求めるか!?
- whoda-v0.7.4.2 の改良
- 長い anchor を削除してしまうので,それを改良したいもんだ。
- PatternHunter? の出力を anchor として whoda-v0.7.4 を使ったらどうなるんだろう?
- 尤度比関数の関数形について
- 授業
- 現代アート美術史 (report: 07/11)
- 科学技術史 (test: 07/19)
- 原田さん (report: 07/31)
- bsa
- 2 章の予習をする。
- 2.3 Alignment algorithms
- 2.8 Deriving score parameters from alignment data
- 3 章の予習をする。
今日の行動
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