FrontPage / 2006-06-30

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今日の予定

14:00 - 18:00

@研究室。学部生輪講。

to do List

• 院ゼミ目次紹介
  • 雑誌を決める
  • 目次紹介準備

• 修論研究
  • whoda-v0.7.4.1 のスピードアップ！
    • アンカー数の 2 乗のオーダーにできる！？
  • dot-plot 図の作成
    • murasaki の最新 ver. のコンパイル
    • murasaki の使い方を教えてもらう
    • murasaki を本格的に動かし始める！！！
    • hsa17 - mmu11, hsaX - mmuX, hsa-mmu-rat all-by-all
    • hsa-ptr-rhe all-by-all
    • cel - cbr
    • sce - ago
    • mtu - mtc, mtu-mle, mtu-mbo, mtu-mpa, mtu-mtc-mbo-mle-mpa
    • シロイヌナズナ-イネ
  • synteny に含まれる遺伝子の機能相関について調べる
    • GO term を用いた Resnik の information content-based method によって、pairwise の機能相関の度合いを調べることができる。
    • そこで、not-in-synteny gene 間の機能相関の度合いの分布、not-in-synteny gene で、locus が近い gene 間の機能相関の度合いの分布、in-synteny gene で同一 synteny に含まれる gene 間の機能相関の度合いの分布、という３つの分布を計算し、その分布がどの程度離れているかを調べる。
    • 機能相関についてより定量的に調べるため、機能相関の度合いについてある閾値を設けて、そうすると not-in-synteny gene group，not-in-synteny and near locus gene group，in-the-same-synteny group の各グループ内の要素を、機能相関あり，機能相関なし、の２群に分類することができる。この２群の個数を求めたら、χ自乗検定によって差があるかを判定することができる。
  • PatternHunter? の出力を anchor として whoda-v0.7.4 を使ったらどうなるんだろう？
  • 尤度比関数の関数形について

• 修論執筆
  • 手法を書き始める！！

• 修論進捗状況把握リストの作成

• 本の返却

• bsa
  • 2 章の予習をする。
    • 2.3 Alignment algorithms
    • 2.4 Dynamic programming with more complex models
    • 2.5 Heuristic alignment algorithms
    • 2.6 Linear space alignments
    • 2.7 Significance of scores
    • 2.8 Deriving score parameters from alignment data

今日の行動