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今日の予定
- 14:00 - 18:00
- @研究室。院生ゼミ。発表者は、クリス、八谷、(森田)。
to do List
- 博士進学の書類申請
成績証明書 (6/29 受け取り)- 入学志願者調書
- 修士論文テーマと内容概要
- 入学後の研究内容について（�仝Φ罎稜愀福↓�研究目的、�Ｅ�該分野における学術的な特色・独創性、�す馥盂阿隆慙�研究の中での当該研究の位置づけ）
- 院ゼミ発表資料の作成
- Introduction
- DP algorithm の例の作り直し
- 尤度比関数形が上に凸であることについての議論
- 修論レースを突き進むんだ！！
- dot-plot 図の作成
- murasaki の最新 ver. のコンパイル
- murasaki の使い方を教えてもらう
- hsa17 - mmu11, hsaX - mmuX, hsa-mmu-rat all-by-all
- hsa-ptr-rhe all-by-all
- cel - cbr
- sce - ago
- mtu - mtc, mtu-mle, mtu-mbo, mtu-mpa, mtu-mtc-mbo-mle-mpa
- PatternHunter? の出力を anchor として whoda-v0.7.4 を使ったらどうなるんだろう？
- synteny に含まれる遺伝子の機能相関について調べる
- GO term を用いた Resnik の information content-based method によって、pairwise の機能相関の度合いを調べることができる。
- そこで、not-in-synteny gene 間の機能相関の度合いの分布、not-in-synteny gene で、locus が近い gene 間の機能相関の度合いの分布、in-synteny gene で同一 synteny に含まれる gene 間の機能相関の度合いの分布、という３つの分布を計算し、その分布がどの程度離れているかを調べる。
- 機能相関についてより定量的に調べるため、機能相関の度合いについてある閾値を設けて、そうすると not-in-synteny gene group，not-in-synteny and near locus gene group，in-the-same-synteny group の各グループ内の要素を、機能相関あり，機能相関なし、の２群に分類することができる。この２群の個数を求めたら、χ自乗検定によって差があるかを判定することができる。
- bsa
- 2 章の予習をする。
- 2.3 Alignment algorithms
- 2.4 Dynamic programming with more complex models
- 2.5 Heuristic alignment algorithms
- 2.6 Linear space alignments
- 2.7 Significance of scores
- 2.8 Deriving score parameters from alignment data
今日の行動
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