【回答】 双方の得失を列挙してみると,
フライング・ブーム方式(空軍機)
○給油機側が操作するので被給油機の負担が少ない. 硬性の給油管を使うので,高圧で給油ができる(大型機の給油時間の短縮)
×給油ブームが大きく張り出す
プロープ・アンド・ドローグ方式(海軍機)
○軟性のホースを使うのでポッド式にできる. (給油機の改造度が低い・小型化可)
×被給油機にプローブを合わせる技量が要求される.
スペース重視の海軍機と,効率重視の空軍機という,要求の結果だと思います.