【回答】 南朝を正統としたのは明治時代です. 武家たちが学んだ水戸学において南朝正統論が出たためとされています.
ちなみに,江戸時代の朝廷では,北朝が正統でした. 江戸時代の朝廷の文献では,北朝の年号が使われ,北朝のみで天皇の代が数えられています.
現在は,北朝と南朝の年号併記が多く,両系統に天皇の称号を認めています. 天皇の代数のみ,南朝の天皇の代数で数えるようです.